Как реализовать счетчик импульсов для двух тактов на Nano Every?

Для синхронизации часов я хочу реализовать счётчик импульсов на Arduino Nano Every. Есть два тактовых сигнала с частотой 40–100 кГц, Nano работает на частоте 20 МГц. Найквист говорит, что нам нужно как минимум вдвое больше частоты дискретизации, а у нас она составляет 200. Поэтому я предполагаю, что можно запрограммировать надёжный счётчик импульсов.

В настоящее время я использую функцию attachInterrupt(digitalPinToInterrupt(pin), isr, RISING) для подсчёта нарастающих фронтов на A0 и A1 и периодического отображения их с помощью функции Serial.print(). Если тактовый сигнал подан на один вывод, подсчитывается нужное количество фронтов. Но если я подключу оба вывода, каждый из них будет учитывать только 50–70% нарастающих фронтов. На осциллографе сигнал выглядит нормально.

volatile unsigned long risingCount0 = 0;
volatile unsigned long risingCount1 = 0;
void isr0() { risingCount0++; }
void isr1() { risingCount1++; }

void setup() {
  Serial.begin(9600);
  pinMode(A0, INPUT_PULLUP);
  pinMode(A1, INPUT_PULLUP);
  attachInterrupt(digitalPinToInterrupt(A0), isr0, RISING);
  attachInterrupt(digitalPinToInterrupt(A1), isr1, RISING);
}

void loop() {
  static unsigned long lastPrintTime = 0;
  int waitSec = 5;
  if (millis() - lastPrintTime >= waitSec * 1000) {
    lastPrintTime = millis();

    unsigned long c0, c1;
    noInterrupts();
    c0 = risingCount0;
    c1 = risingCount1;
    interrupts();

    Serial.print(c0);
    Serial.print(" ");
    Serial.println(c1);
  }
}

Этот человек говорит, что у него работают выводы 2–5, но при использовании цифровых выводов 2 и 3 регистрируется только 10 или 100 результатов в секунду. Это меня озадачивает, поскольку в документации также говорится, что цифровые выводы подходят для прерываний. Одновременные прерывания тоже должны сохраняться.

Чтение Как работают прерывания на Arduino Uno и подобных платах?, Я вижу, что, например, millis() отключает прерывания на короткое время, поэтому предполагаю, что что-то препятствует их возникновению. Уменьшение количества последовательных выводов также каким-то образом смягчает проблему, но всё равно не решает её. Кроме того, прерывания должны обрабатываться одно за другим, а обработчики прерываний, записывающие одну переменную, должны занимать всего несколько микросекунд.

В идеале, существует решение, которое непрерывно измеряет и выводит результаты на последовательный порт для проведения долгосрочных измерений. Тем не менее, сейчас я внедряю версию, которая попеременно печатает и измеряет, чтобы последовательные порты не влияли на результаты измерений.

Любые предложения по библиотекам, улучшению существующего кода или вообще по другим подходам приветствуются. Я добавил тег project-critique, как указано на странице помощи.