Один и тот же код в последовательном порядке с разными результатами: яркий встроенный светодиод против тусклого того же светодиода, Arduino Nano Every

Так много ошибок:

• Сдвиг 0 на любое число даст в результате 0.
  Вы уже знаете о PINx_bm (bm = битовая маска), вы можете использовать его вместо этого.

• Вы полностью провалили манипуляцию битами
  Вы можете использовать PORTE.OUTSET = PINx_bm; или PORTE.OUTCLR = PINx_bm;
  Или более глупый способ: VPORTE.OUT |= PINx_bm; или VPORTE.OUT &= ~PINx_bm;

• Ты тоже полностью провалил логику
  Все операторы «if» изменяют один и тот же бит (в настоящее время целый байт) и перезаписывают предыдущее состояние. В данном случае тусклый свет означает, что сигнал был в состоянии ВЫСОКОГО уровня примерно несколько сотен наносекунд, прежде чем был сброшен следующим блоком if. Последний блок немного ярче, поскольку существует некоторая странная задержка, поэтому, когда последний оператор if приводит к высокому уровню, он будет оставаться относительно дольше, чем любой другой предшествующий ему оператор.

Вот мой совет. Проверьте, меняются ли VPORTB.IN и VPORTF.IN так, как вы ожидаете. Даже без осциллографа вы можете убедиться в этом с помощью следующего кода. Если хотите проверить и VPORTF.IN, просто добавьте аналогичные строки. Для простоты я показываю только VPORTB.IN.

#define LEN_HISTORY 100  // Сохранить 100 изменений

int hist_ct = 0;  // Счетчик для истории
uint32_t hist_timestamp[LEN_HISTORY];  // Сохраняем время при изменении входных данных
uint8_t hist_vportb_in[LEN_HISTORY];   // Сохранить входное значение
uint8_t last_vportb_in = 0;  // Запоминаем последний ввод

// Печать истории на последовательном мониторе
void dump_hist() {
    Serial.println("Dumping history:");
    for (int i = 0; i < hist_ct; i++) {
        Serial.print(hist_timestamp[i]);  // Показать время
        Serial.print(" : ");
        Serial.println(hist_vportb_in[i], BIN);  // Вывести входное значение в двоичном формате
    }
}

void loop() {
    uint8_t val = VPORTB.IN;  // Чтение ввода порта B

    if (val != last_vportb_in) {  // Проверяем, изменилось ли значение
        if (hist_ct < LEN_HISTORY) {  // Если история не полная
            hist_timestamp[hist_ct] = micros();  // Экономьте время
            hist_vportb_in[hist_ct] = val;  // Сохранить значение
            hist_ct++;  // Увеличить счетчик
        } else {  
            dump_hist();  // Вывести историю при заполнении
            while (true) { asm volatile("nop\n\t"); }  // Остановить цикл навсегда
        }
        last_vportb_in = val;  // Обновить последний ввод
    }
}

Редактировать:

Помимо проблемы с дребезгом, ответ @KIIV интересен. В вашем коде VPORTE.OUT зависит только от VPORTF.IN, независимо от значения VPORTB.IN. Рекомендую пересмотреть логику. Вот пример (псевдокод):

В цикле loop(),

bool vport_e = false;
if (VPORTB.IN & PIN0_bm)
    vport_e = true;
if (VPORTB.IN & PIN1_bm)
    vport_e = true;

// вырезка

if (VPORTF.IN & PIN5_bm)
    vport_e = true;

// Окончательно...
if (vport_e) {
    VPORTE.OUT = 1 << PIN2;
} else {
    VPORTE.OUT = 0 << PIN2;
}

Не знаю, соответствует ли эта логика вашим ожиданиям, но надеюсь, она поможет.

Кстати, насколько я понимаю, .OUTSET нельзя использовать с VPORT.