Альтернатива опросу флага прерывания из основного цикла?

Поскольку вы пометили его Teensy: вы также можете уменьшить приоритет прерывания, чтобы его можно было прервать прерываниями с более высоким приоритетом. Таким образом, вы можете реализовать прерывания большей продолжительности, не блокируя важные функции системы.

Вот пример использования таймеров GPT1 и GPT2, работающих с разными приоритетами:

#include "Arduino.h"
#include "TeensyTimerTool.h"

using namespace TeensyTimerTool;

PeriodicTimer loPrioTimer(GPT1);
PeriodicTimer hiPrioTimer(GPT2);

void onLowPrioTimer() // какая-то длинная задача, выполняемая из прерывания с низким приоритетом
{
    Serial.printf("  Start low prio isr @t=%d ms\n", millis());

    for (int i = 0; i < 10; i++)
    {
        Serial.printf("    lowPriority task %d\n",i);
        delay(10);
    }

    Serial.println("  Stop low prio isr");
}

void onHiPrioTimer() // высокий приоритет, прерывает isr с низким приоритетом
{
    Serial.printf("high priority @t=%d ms\n", millis());
}

void setup()
{
    while (!Serial) {}

    loPrioTimer.begin(onLowPrioTimer, 500ms); // GPT1
    hiPrioTimer.begin(onHiPrioTimer, 50ms);   // GPT2

    NVIC_SET_PRIORITY(IRQ_GPT1, 128); // самый низкий приоритет
    NVIC_SET_PRIORITY(IRQ_GPT2, 16);  // высокий приоритет
}

void loop()
{
}

который печатает:

high priority @t=1057 ms
high priority @t=1107 ms
high priority @t=1157 ms
high priority @t=1207 ms
high priority @t=1257 ms
high priority @t=1307 ms
high priority @t=1357 ms
high priority @t=1407 ms
high priority @t=1457 ms
high priority @t=1507 ms
  Start low prio isr @t=1507 ms
    lowPriority task 0
    lowPriority task 1
    lowPriority task 2
    lowPriority task 3
    lowPriority task 4
high priority @t=1557 ms
    lowPriority task 5
    lowPriority task 6
    lowPriority task 7
    lowPriority task 8
    lowPriority task 9
high priority @t=1607 ms
  Stop low prio isr
high priority @t=1657 ms
high priority @t=1707 ms
high priority @t=1757 ms
high priority @t=1807 ms
high priority @t=1857 ms
high priority @t=1907 ms
high priority @t=1957 ms
high priority @t=2007 ms
  Start low prio isr @t=2007 ms
    lowPriority task 0
    lowPriority task 1
    lowPriority task 2
    lowPriority task 3
    lowPriority task 4
high priority @t=2057 ms
    lowPriority task 5
    lowPriority task 6
    lowPriority task 7
    lowPriority task 8
    lowPriority task 9
high priority @t=2107 ms
  Stop low prio isr
high priority @t=2157 ms
high priority @t=2207 ms
high priority @t=2257 ms
high priority @t=2307 ms

Это показывает, что таймер с высоким приоритетом (работающий с интервалом 50 мс) перехватывает ISR с низким приоритетом, который запускается каждые 500 мс в течение примерно 100 мс.