Пытаюсь поддерживать мой основной код в рабочем состоянии, если ввод не будет LOW в течение определенного промежутка времени

Если я правильно понимаю ваши требования, вы могли бы использовать переменную, чтобы определить, должны ли ваши последовательные индикаторы мигать или нет. Если входной сигнал НИЗКИЙ более 1/2 секунды, переменная должна измениться на НИЗКИЙ, сообщая Arduino прекратить мигание последовательных индикаторов.

Давайте представим, что ваш входной сигнал имеет правильное напряжение и очень точен с учетом времени. На отметке 501 мс, при отсутствии высокого входного сигнала, ваши индикаторы должны перестать мигать.

Может работать простой таймер и переменная состояния. Вот тестовый набросок.

// Sketch использует 1144 байта (3%) дискового пространства программы.
// Глобальные переменные используют 19 байт (0%) динамической памяти.
class MillisTimer{

  private:

    unsigned long m_timeInMilliSeconds;
    unsigned long m_previousMillis;
    byte m_timerActive;

  public:

    MillisTimer(unsigned long timeInMilliSeconds):
      m_timeInMilliSeconds(timeInMilliSeconds),
      m_timerActive(0),
      m_previousMillis(0){
    }

    bool Update(){
      if(m_timerActive && (millis() - m_previousMillis >= m_timeInMilliSeconds)){
        m_previousMillis += m_timeInMilliSeconds;
        return 1;
      }
      else{
        return 0;
      }
    }

    void Start(){
      m_timerActive = 1;
    }

    void Stop(){
      m_timerActive = 0;
    }

    void ReStart(){
      m_timerActive = 1;
      m_previousMillis = millis();
    }

    byte IsActive(){
      return m_timerActive;
    }

};

// Создайте копию объекта для работы.
MillisTimer MyTimer(501);

byte inputPin = 2;
byte signalActive = 0;

void setup(){

  // ПРИМЕЧАНИЕ: Если вход плавающий, требуется понижающий резистор.
  pinMode(inputPin, INPUT);
  MyTimer.Start();

  // Индикатор состояния таймера для целей тестирования.
  pinMode(LED_BUILTIN, OUTPUT);
  digitalWrite(LED_BUILTIN, LOW);

}

void loop(){

  if(digitalRead(inputPin) == HIGH){
    signalActive = 1;
    MyTimer.ReStart();
  }

  if(MyTimer.Update()){
    signalActive = 0;
  }

  // Протестируйте вывод переменной "signalActive" с помощью встроенного светодиода на Uno.
  if(signalActive == 1){
    digitalWrite(LED_BUILTIN, HIGH);
  }
  else{
    digitalWrite(LED_BUILTIN, LOW);
  }
  
}

Предполагая, что digitalRead(RTS_IN) является входным сигналом, я бы прочитал его один раз в верхней части цикла и сохранил временную метку, если она высока, а затем использовал условие millis() - timestamp <= 500 в качестве фиксированной входной переменной.

Я бы также выполнил остальную часть ввода (т. Е. millis()) в верхней части функции, преобразовал сравнения времени из абсолютных значений в интервалы и рассмотрел возможность учета не включенного регистра из регистров коммутатора.

Непроверенный код:

// Светодиодные выходы
int LED_5 = 6;
int LED_6 = 7;
int LED_7 = 8;
int LED_8 = 9;

//правый указатель поворота
int RTS_IN  = A0;

//переменная состояния для операторов switch case
int stateRightTurn = 0;

//временная переменная
unsigned long t = 0;
//интервал - это интервал времени между операторами case
unsigned long interval = 100;
//время отключения кода
unsigned long off = 600;

void setup()
{
  Serial.begin(9600);

  //вводит
  pinMode(RTS_IN,  INPUT);

  //вывод сигнала правого поворота из левого в правый
  pinMode(LED_5, OUTPUT);
  pinMode(LED_6, OUTPUT);
  pinMode(LED_7, OUTPUT);
  pinMode(LED_8, OUTPUT);

}

void loop()
{
  StateRight();

}

//последовательные сигналы поворота
void StateRight()
{
  const int latchInterval = 500; // ms
  static unsigned long lastHigh = -latchInterval; // инициализировать в перенесенное прошлое
  unsigned long now = millis();
  int inState = digitalRead(RTS_IN);
  if (inState == HIGH) { //таймер обновления
    lastHigh = now;
  }
  bool enabled = (now - lastHigh <= latchInterval) ; // включен в течение 500 мс после выключения

  switch (stateRightTurn)
  {
    case 0: //холостой ход
      if (enabled)
      {
        Serial.println("0000");
        t = now;
        SwitchRightLedsOff();
        stateRightTurn = 1;
      }
      break;

    case 1: // Один светодиод горит
      if (!enabled)
      {
        Serial.println("1111-LOWLOWLOW");
        SwitchRightLedsOff();
        stateRightTurn = 0;
      }
      else if (now - t > interval)
      {
        Serial.println("1111-HHHHHHHH");
        t = now;
        digitalWrite(LED_5, HIGH);
        stateRightTurn = 2;
      }
      break;

    case 2: // Два светодиода горят
      if (!enabled)
      {
        Serial.println("2222-LOWLOWLOW");
        SwitchRightLedsOff();
        stateRightTurn = 0;
      }
      else if (now - t >  interval)
      {
        Serial.println("2222-HHHHHHHH");
        t = now;
        digitalWrite(LED_6, HIGH);
        stateRightTurn = 3;
      }
      break;

    case 3: // Три светодиода горят
      if (!enabled)
      {
        Serial.println("3333-LOWLOWLOW");
        SwitchRightLedsOff();
        stateRightTurn = 0;
      }
      else if (now - t > interval)
      {
        Serial.println("3333-HHHHHHHH");
        t = now;
        digitalWrite(LED_7, HIGH);
        stateRightTurn = 4;
      }
      break;

    case 4: // Четыре светодиода горят
      if (!enabled)
      {
        Serial.println("4444-LOWLOWLOW");
        SwitchRightLedsOff();
        stateRightTurn = 0;
      }
      else if (now - t > interval)
      {
        Serial.println("4444-HHHHHHHH");
        t = now;
        digitalWrite(LED_8, HIGH);
        stateRightTurn = 5;
      }
      break;

    case 5: // Светодиоды не горят
      if (!enabled)
      {
        Serial.println("5555-LOWLOWLOW");
        SwitchRightLedsOff();
        stateRightTurn = 0;
      }
      else if (now - t > interval)
      {
        Serial.println("55555-HHHHHHHH");
        SwitchRightLedsOff();
        stateRightTurn = 0;
      }
      break;
  }
}


//способ отключения светодиодов
void SwitchRightLedsOff()
{
  digitalWrite(LED_5, LOW);
  digitalWrite(LED_6, LOW);
  digitalWrite(LED_7, LOW);
  digitalWrite(LED_8, LOW);
}