Как различить несколько цепей?

Во-первых, давайте рассмотрим логику вашей программы. У вас есть две группы контакты: 6 контактов, подключенных к проводам, и 6 контактов, подключенных к терминалы. Первое, что я бы сделал, это забыл, что это два разные группы. Предположим, у вас есть всего 12 пинов, которые у пользователя есть подключаться определенным образом. Таким образом, большинство «странных вещей» пользователь могли бы сделать, например, соединить провода вместе, не являются особым случаем больше. Они просто еще одна недействительная комбинация. Теперь то, что вам нужно сделать, это для каждой пары контактов среди этих 12 определить, есть ли не они соединены вместе. Если какая-то пара соединена, то не должна быть, у вас недействительная комбинация. Если какая-либо пара не подключена, пока так и должно быть, это снова недопустимая комбинация. Если каждая пара является ожидаемое состояние (либо подключено, либо не подключено), затем пользователь сделал разгадайте головоломку.

Теперь, что касается аппаратной части. Простой способ узнать, являются ли два контакта соединенных вместе, нужно установить один из них в INPUT_PULLUP, а другой один на ВЫХОД НИЗКИЙ. Этот второй вывод должен быть единственным доступны пользователю, который выводит LOW. Все остальные открытые контакты должен быть установлен как INPUT или INPUT_PULLUP. Теперь, если первый вывод читает LOW, вы знаете, что есть соединение. Если он читает HIGH, два контакта не связаны между собой.

Вот пример программы, демонстрирующей этот принцип. Он проходит по циклу 66 возможных пар для проверки, связаны они или нет. Вам просто нужно заменить внутренний if на ваш код, который проверяет комбинация.

const int PIN_COUNT = 12;
const uint8_t pins[PIN_COUNT] = {...};

void setup() {
    Serial.begin(9600);

    // Установить все контакты в состояние INPUT_PULLUP.
    for (int i = 0; i < PIN_COUNT; i++)
        pinMode(pins[i], INPUT_PULLUP);
}

void loop() {
    // Цикл по всем парам контактов (pins[i], pins[j]).
    // Установите контакты [i] на ВЫХОДНОЙ НИЗКИЙ уровень, затем считайте контакты [j].
    for (int i = 0; i < PIN_COUNT - 1; i++) {
        pinMode(pins[i], OUTPUT);
        digitalWrite(pins[i], LOW);
        for (int j = i+1; j < PIN_COUNT; j++) {
            if (digitalRead(pins[j]) == LOW) {
                Serial.print("pins ");
                Serial.print(pins[i]);
                Serial.print(" and ");
                Serial.print(pins[j]);
                Serial.println(" are connected together.");
            }
        }
        pinMode(pins[i], INPUT_PULLUP);
    }
}

Что касается безопасности, то все должно быть в порядке, если только пользователи не имеют доступ к любому низкоомному заземлению или источнику напряжения. В частности, Контакты GND и 5V не должны быть доступны пользователю. Для дополнительной защиты вы можно было бы подключить резистор сопротивлением 1 кОм последовательно с каждым штифтом, но тогда все Контакты, которые не тестируются активно, следует установить на INPUT, а не чем INPUT_PULLUP, в противном случае несколько подтягиваний параллельно могут начать конкурировать с последовательным резистором.