Штекерные контакты на Arduino Uno

Это контакты системного программирования (ISP). Они используются для программирования микроконтроллера без использования загрузчика.

Загрузчик — это программа, уже загруженная во флэш-память микроконтроллера, которая позволяет загружать программу в микроконтроллер через Tx & Последовательные линии Rx и, следовательно, не требуют устройства программирования.

Использование ISP может быть полезно в следующих случаях:

• Программа загрузчика не существует в микроконтроллере, например, в новом чипе.
• Загрузчик поврежден.
• Ваша программа слишком велика, и вы хотите получить пару сотен байт (0,5 КБ), которые в противном случае используются загрузчиком.

Стандартное соединение для ISP представляет собой 6-контактный разъем 100 мил (2x3).

На Arduino Uno есть два разъема ISP, потому что на плате фактически два микроконтроллера. Существует основной микроконтроллер (он же ATmega328P), который используется для выполнения программы, которую вы загружаете в плату Arduino. Второй микроконтроллер (ATmega16U2 или ATmega8U2) используется в качестве интерфейса USB, преобразуя сигналы USB в последовательные данные, которые подключаются к UART ATmega328P (т. е. Tx и Rx).

В следующем документе подробно описан ISP и даны описания контактов, используемых в заголовке ISP, а также способы их взаимодействия с микроконтроллером и т. д.:
[PDF] AVR: внутрисистемное программирование — Atmel

РЕДАКТИРОВАТЬ: Как правильно указывает Маженко, заголовок ISP 2x3, ближайший к ATmega328P, также может использоваться для подключения датчиков и контроллеров, которые обмениваются данными с использованием последовательного периферийного интерфейса (SPI).

Дополнительную информацию о последовательном периферийном интерфейсе и библиотеке SPI можно найти по адресу: https://www.arduino.cc /en/Reference/SPI